MetaGeneS

# gff文件一共9列，分别如下：
①seqid（序列ID）：通常为染色体的ID；
②source（注释的来源）：表示产生此文件的软件或方法；
③type（类型）：表示区间特性类型，如gene，repeat_region，exon，CDS等；
④start（起始位点）：特征区间的起始位置；
⑤end（结束位点）：特征区间的终止位置；
⑥score（得分）：表示注释信息可靠性；
⑦strand（正/负链）："＋"：正链，"－"：负链；
⑧phase（步进）：对于编码蛋白质的CDS，本列指定下一个密码子开始的位置。可以是0，1，2。表示到达下一个密码子要跳过的碱基个数;
⑨attribut（属性）：基因ID，长度等信息；多个属性之间用";"分号分隔。

结果文件

1
2
3

Escherichia_coli.gff #储存基因结构信息
Escherichia_coli_gene.fasta #预测基因组的核苷酸序列
Escherichia_coli_protein.fasta #预测基因组的蛋白质序列

下载方法

# 下载软件和密钥
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_dHlO8/gms2_linux_64.tar.gz
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_dHlO8/gm_key_64.gz
# 解压软件
tar -zxvf gms2_linux_64.tar.gz
gunzip -c gm_key_64.gz > ~/.gmhmmp2_key
# 将软件添加到环境变量
vim ~/.bashrc
PATH=$PATH:/opt/biosoft/gms2_linux_64
source ~/.bashrc

官网

1	http://exon.gatech.edu/GeneMark/

使用 RAPT 组装和注释您的原核基因组

读取组装和注释管道工具 (RAPT) 是一种易于使用的试点服务，用于从细菌或古细菌分离物测序的公共或私人 Illumina 基因组读取的从头*组装和基因注释。RAPT 由三个主要组件组成，即基因组组装器 SKESA、分类分配工具 ANI和原核基因组注释管道 ( PGAP )，并在几个小时内生成质量与 RefSeq 相当的注释基因组（*了解有关 RAPT的更多信息）。

使用 RAPT，您将：