Barrnap预测rRNA基因

Barrnap预测

安装

conda install -c bioconda -c conda-forge barrnap

从fasta文件中提取rRNA

barrnap \
--kingdom bac \
--threads 4 \
--outseq outwork.fa \
testfile.fasta > test.gff3

--kingdom参数指定物种类型，bac代表细菌，arc代表古菌，euk代表真核生物，mito代表后生动物线粒体；--threads指定并行的线程数;--outseq: 保存结果序列；>输出汇总表

该软件支持以下类型的rRNA的预测

1. bacteria (5S,23S,16S),
2. archaea (5S,5.8S,23S,16S),
3. metazoan mitochondria (12S,16S)
4. eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)

结果集：

结果分析

一个基因组会出现多条5S 23S 16S，可能是组装错误引起的，为了方便研究可以针对比较完整的（1.5KB）左右的16S rRNA进行分析