细菌基因组组装

基因组组装

目前推荐两种主流的基因组组装方式：

附：MD5校验数据完整性

md5sum -c <*md5.txt>

Spades（一）

简介：主流的组装方式中对于单基因组装，二代测序用Spades组装成草图的效果最好，辅以unicycler外加三代测序进行矫正可以得到质量很高的完成图。

软件下载

github：https://github.com/ablab/spades

# 解压
wget http://cab.spbu.ru/files/release3.15.5/SPAdes-3.15.5-Linux.tar.gz
tar -zxvf SPAdes-xxx-Linux.tar.gz
cd SPAdes-xxx-Linux/bin
ls
# 测试
./spades.py --test
# 常规使用
./spades.py --pe1-1 gene_1.fq.gz --pe1-2 gene_2.fq.gz -t  8 -k  15,21,33,55,77,99,127   --cov-cutoff    auto    --careful   -o output
# 推荐终端后台挂机使用
nohup ./spades.py --pe1-1 gene_1.fq.gz --pe1-2 gene_2.fq.gz -t  8 -k  15,21,33,55,77,99,127   --cov-cutoff    auto    --careful   -o output >output.file 2>&1 &
# 结果集存于output，运行状态文件输出至output.file

Megahit（二）

简介：megahit常用于宏基因组数据组装，其处理速度极佳，组装质量尚可，在无过高质量要求且项目进度紧迫时的最佳选择。megahit是SOAPdenovo2的官方升级版，各方面性能均优于前者，因此较为推荐。

软件下载：

github：https://github.com/voutcn/megahit

# conda安装
conda install -c bioconda megahit
# 直接下载二进制文件
wget https://github.com/voutcn/megahit/releases/download/v1.2.9/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz 
# 解压
tar -zvxf MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz   
cd MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static/bin/ #可以看到目录下的可执行文件megahit
# 执行
./megahit -1 gene_1.fq.gz -2 gene_2.fq.gz -o assemble